Prawodawstwo polskie w różnym stopniu i z rozmaitym skutkiem popiera właścicieli firm oraz pracowników, dając im możliwość zrobienia różnego typu potrąceń podatku VAT. Mimo to istnieje kilka wyjątków, kiedy płatnik podatku-przedsiębiorca nie ma możliwości tego zrobić.
1.12.2008 r. niektóre z przepisów dotyczących zakazu potrącania VAT były uchylone, nadal na podstawie artykułu 88 ustawy o VAT, nabywca nie posiada prawa potrącenia podatku VAT z faktury:
1. paliw silnikowych, oleju napędowego a także gazu, używanych do napędu samochodów osobowych oraz innych pojazdów samochodowych, o których mowa w artykule 86 ust. 3, czyli samochodów osobowych i innych pojazdów samochodowych o dopuszczalnej masie całościowej nieprzekraczającej 3,5 tony;
2. importu usług, w związku z którymi płatność należności jest robiona wprost albo pośrednio na rzecz podmiotu mającego siedzibę, miejsce zamieszkania albo zarząd na terytorium albo w kraju wyszczególnionym w załączniku nr 5 do ustawy, to znaczy w tak zwanym „raju podatkowym”;
3. usług noclegowych oraz żywieniowych, z wyłączeniem kupna gotowych posiłków przeznaczonych dla podróżnych przez płatników świadczących usługi przewozu ludzi;
4. zakup towarów i usług:
a. zostało poświadczone fakturami, których data księgowania wykracza poza termin określony w art. 86 ust. 11, czyli jeżeli podatnik nie dokona obniżenia kwoty podatku należnego w terminach opisanych w ust. 10 (datę otrzymania faktury), ma możliwość zmniejszyć wielkość podatku należnego w deklaracji podatkowej za jeden z dwóch następnych okresów rozliczeniowych;
b. zostało poświadczone fakturami odebranymi przed dniem straty zwolnienia opisanego w art. 113 ust. 1 lub 9 lub przed dniem rezygnacji z tego zwolnienia, z wyjątkiem sytuacji opisanych w art. 113 ust. 5 i 7, czyli takich, u których koszt sprzedaży obłożonej podatkiem w sumie była większa niż 50.000 zł;
c. nastąpiło w sytuacji darowizny lub nieodpłatnego świadczenia usługi;
d. zostało poświadczone fakturą marżą.